Joost Raaphorst is sinds 2018 werkzaam als neuroloog bij Amsterdam UMC, met als aandachtsgebied neuromusculaire aandoeningen. In de klinische praktijk behandelt hij patiënten met diverse spier- en zenuwziekten, waarbij zijn bijzondere (wetenschappelijke) expertise ligt bij myositis. Hij is voorzitter van het Myositis Netwerk Nederland en de Amsterdamse Neurologen Vereniging. Daarnaast is hij als onderzoeker betrokken bij diverse vernieuwende onderzoeksprojecten op het gebied van myositis, waaronder studies naar celtherapie en IVIg-behandelingen. Tevens is hij sterk betrokken bij het medisch onderwijs en bekleedt hij de rol van plaatsvervangend opleider Neurologie.