Anneke van der Kooi is sinds 2000 werkzaam als neuroloog en klinisch neurofysioloog bij het Amsterdam UMC, met als aandachtsgebied neuromusculaire ziekten en neuro-immunologie. In de klinische praktijk behandelt zij een breed scala aan spier- en zenuwziekten, waaronder motorneuronziekten, myopathieën en neuropathieën. Haar bijzondere expertise ligt bij idiopathische inflammatoire myopathieën (myositis). Zij is voorzitter van de International Myositis Society en betrokken bij diverse internationale onderzoeksprojecten op het gebied van myositis.